Sau khi chiến tranh kết thúc, Haganah tiến hành các chiến dịch chống lại người Anh tại Palestine, như giải thoát các di dân Do thái bị cầm giữ tại trại Atlit, đánh bom hệ thống giao thông đường sắt, phá hoại các trạm radar và cơ quan cảnh sát Anh tại Palestine. Họ cũng tiếp tục tổ chức nhập cư lậu cho người Do thái.

Ngày 28 tháng 5 năm 1948, chưa đầy hai tuần sau khi quốc gia Israel thành lập ngày 15 tháng 5, chính phủ lâm thời thành lập lực lượng Phòng vệ Israel để kế tục Haganah. Chính phủ cũng đặt ra ngoài vòng pháp luật tất cả các tổ chức vũ trang khác.

Trong số các thành viên nổi bật của Haganah phải kể đến Yitzhak Rabin, Ariel Sharon, Rehavam Zeevi, Dov Hoz, Moshe Dayan, Yigal Allon và nữ bác sĩ Ruth Westheimer.

Bảo tàng "Những tù nhân hoạt động bí mật" ở Jerusalem tưởng niệm các hoạt động của những tổ chức hoạt động bí mật trong thời kỳ tiền-lập quốc của Israel, tái tạo lại cuộc sống hàng ngày của những người bị giam cầm ở đó.